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东南大学医学院内科学系最早可追溯于原中央大学医学院内科学系，迄今已有七十六年历史。曾有戚寿南、牟善初、王士雯、闫林肯、陈达光、彭长青、季寿琪、尤大钰、阴东平等多名国内外著名专家学者在此学习或任职。目前内科学系包括呼吸内科、心血管内科、消化内科、肾内科、血液内科、内分泌科、风湿免疫科、老年内科八个专业，其中肾脏病学、内分泌、血液病学及心血管病学为江苏省医学重点学科。内科学专业是二级学科博士点和硕士点、博士后流动站，现有江苏省肾脏病学创新医学中心、国家级胸痛中心、国家药物临床试验基地等多个高水平基础与临床研究平台。
学系现有教授（主任医师）60人，副教授（副主任医师）40人，博士生导师 30人，硕士生导师 56人，已建成一支由国家重点研发计划首席科学家、国家优秀青年基金获得者、青年长江、江苏省医学领军人才等为学术带头人的高水准学科队伍，其中6位学科带头人兼任全国、省级学术组织主任/副主任委员，医学院院长/前内科学系主任刘必成任中华医学会肾脏病分会副主任委员。
学科目前承担了临床医学系五年制、5+3一体化、5+3+X拔尖创新班、医学影像系、医学检验系本科及博士、硕士研究生教学及培养任务，内科大查房、疑难病多学科诊疗模式（MDT）成为培养学生临床思维的特色。学科早在1936年即在国内开始招收硕士研究生，1981年恢复招收硕士研究生，2000年起开始招收7年制临床医学本硕连读研究生，2005年被批准为博士学位授予点。近年来在肾脏纤维化、血液透析并发症、动脉粥样硬化和心血管影像学、肿瘤的基础和临床研究、糖尿病慢性并发症机制和干预等方向形成了鲜明的研究特色，先后获科技部重点研发计划、国家自然科学基金重点（重大国际合作）、优秀青年基金等重点重大科研项目，获国家科技进步二等奖、教育部自然科学奖一等奖、中华医学科技奖一等奖1项、江苏省科技进步二等奖等科技奖励。在N Engl J Med，BMJ，Kidney Int等国际及专业顶级期刊发表论文，主编出版教材专著10余部。