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1958年成立的儿科学教研室是儿科医学系前身，于1986年获得硕士学位授予权。经历了半个多世纪的建设和发展，培养了大批医疗及科研人员，遍布海内外，且在医学科研和临床医疗工作均取得了丰硕的成果。于2009年新增博士生导师1名。2005年被评为江苏省省级临床重点专科，并以优异成绩通过每年年度审核。于2006年被评为江苏省巾帼示范岗。
儿科医学系主任唐洪丽教授现任：江苏省医学法学会常务理事、江苏省医学会行为医学专科委员、江苏省生物发育工程学会理事、江苏省预防医学会儿童保健专业委员会常务委员、中华医学会南京分会儿科专业副主任委员、南京市伤残儿童鉴定专家组组长,江苏省、南京市医疗事故技术鉴定专家。中国当代儿科杂志特约编委、现代医学杂志编委、《东南大学学报（医学版）》 编委。擅长儿童神经系统疾病及发育问题的临床诊治工作。近年来对儿童神经心理学及神经康复学、儿童保健学有颇深研究并开设相关专科门诊，组建成立了中大医院儿童行为发育中心及早期高危儿康复干预中心。并率先在江苏省开展儿童感觉统合训练。主持和主要参加部院级科研课题多项，获省科技厅成果鉴定一项；省卫生厅新技术引进一等奖一项。发表学术论文30余篇，主编和参编著作7部。
儿科医学系目前采用统编教材，坚持开设儿科医学本科必修课程及硕士研究生学位课程。目前已培养硕士研究生50余名，为省内外培养和输送了一批高素质的人才。
聘请院外及国外专家学者开展专科讲座十余次，带教进修和实习学生百余名，2010年累计讲授本科及研究生以上1100余课时，带教海外学生100余人，累计海外课时100余课时，坚持精品课程，集体备课，无一例教学事故。
为促进儿科医学学科进一步发展，加强国际交流，学科负责人唐洪丽教授曾作为访问学者赴德国Ulm大学访问，与该校建立了稳定的临床和科研合作关系，为儿科医学的人才培养提供了可靠的国际平台。
儿科医学科长期重视基础和临床研究工作，先后承担国家973项目、江苏省社会发展基金、江苏省自然科学基金、南京市医学科技发展项目、中华医学会临床医学科研专项资金等资助的多项临床和基础研究课题。江苏省卫生厅课题“氧疗在早产儿视网膜病变发病机制中的作用研究”已经完成并结题，已发表相关论文5篇，参加相关学术会议论文7篇。国家973项目国家科学技术部2007CB936104 “生物可降解纳米缓释复合支架的基础研究”、国家重点实验室开放项目“3-硝基丙酸脑内注射诱导早产鼠脑室周围白质软化脑内氨基酸递质动态变化-活体微透析研究”、南京市医学科技发展项目“新生脑缺氧缺血后海马神经干细胞再生研究”、横向课题825-09HX18“中药五龙水抑菌效果和药效学的基础与应用研究”、江苏省医药管理局科技项目“LB09073生脉对早产儿脑损伤神经保护的基础与临床应用研究”、中国北科生物科技有限公司横向课题“脐带间充质干细胞治疗足月新生鼠缺氧缺血脑损伤的干预及神经保护作用”等课题均进展顺利。省级继续教育项目“围产儿相关热点问题研讨”于2010年10月在南京成功举办。2010年正式发表学术论文10余篇，其中核心期刊9篇，参加省内、省际及全国性学术会议24人次，其中大会讲课2次，大会发言9次，大会交流论文20余篇。