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传染病学系由东南大学附属第二医院和传染病教研室组建，东南大学附属第二医院为原国民党中央国立传染病院，由宋美龄基金会创建于1933年，解放后改为南京市传染病院，至今已有76年历史。2009年6月，挂牌东南大学附属第二医院。医院传染科现为江苏省重点学科、江苏省重点临床专科、江苏省重点学科“感染病学”共建单位，江苏省传染病诊疗技术中心、江苏省中西医结合肝病研究中心、江苏省传染科医疗质量控制中心。2009年8月26日通过了江苏省卫生厅三级甲等传染病医院评审，成为江苏省唯一的一所集医疗、教学、科研于一体的全省规模最大的三级甲等传染病专科医院。
传染病学系主任赵伟教授现任中华中医药学会感染病分会副主任委员、中华医学会感染病学分会委员，江苏省医学会感染病学会主任委员、江苏省中西医结合学会肝病专业委员会主任委员、江苏省医院管理学会传染病医院管理专业委员会主任委员，江苏省预防医学会艾滋病综合防治专业委员会副主任委员，中华传染病杂志第七届编辑委员会委员、临床肝胆病杂志编委，江苏医药杂志编委，中国病毒病杂志编委。在国内传染病医学领域享有较高声誉。
传染病学系每年承担不同专业本科、七年制、留学生的传染病理论和临床见习教学，现有东南大学硕士生导师12人，涉及内科、妇产科、检验、药学专业，已独立培养传染病硕士研究生12人。为省内外培养和输送了一批高素质的传染病专业人才。与此同时，为进一步促进学科发展，加强国际交流，学科负责人赵伟教授邀请国内外著名学者和专家进行学术交流。
传染病学科长期重视基础和临床研究工作，先后承担国家自然基金、国家科技部、国家中医药局、江苏省社会发展基金、江苏省自然科学基金、江苏省卫生厅、江苏省中医药局等临床医学科研专项资金等资助的多项临床和基础研究课题。近五年来，获得中华科技进步奖1项，省科技进步奖 3项，省卫生厅新技术引进奖 12 项，南京市科技进步奖 5 项。发表学术论文 600篇，其中SCI 22篇，中华期刊39篇，核心期刊 204篇，发表专著3部。与江苏省CDC共同参与申报的国家重点专项《江苏省防治艾滋病、病毒性肝炎和结核病等重大传染病规模化现场流行病和干预研究》已获批准，并参与北京302医院，北京地坛医院国家重大专项子项目研究。2008年医院通过国家药监局验收，并获批准成为国家二期药物临床试验机构。