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病理生理学系是“病理学与病理生理学”博士学位和硕士学位授权点（隶属于基础医学一级学科授权点），是中国病理生理学会理事单位、江苏省病理生理学会常务理事与副理事长单位。全系在编教职工5名，其中教授2名、研究员1名、高级工程师1名、讲师1名，都具有博士学历与学位，教师皆为本科临床医学专业毕业，高级职称教师均有一年以上出国留学研修经历、皆为博士生与硕士生导师。
自医学院（始于1935年原国立中央大学医学院）创建以来，现病理生理学系（2021.03.）经历了病理教研室病理生理教学组（1957.11.）、病理生理教研室（1978.09.）、病理学与病理生理学学系（2000.04.）等阶段，俞家柽教授、黄晔美教授、卫开斌副教授、王基平副教授、余卫平教授等历任负责人为承担相关教研任务做了大量工作与贡献。
目前学系承担了医学院研究生、拔尖创新医学人才试点班、5+3一体化、5年制本科（包括留学生）以及成贤学院护理本科的教学任务，主要教学课程有：本科生的《病理生理学》（中、英文课程）、《机能实验学》（中、英文课程）,研究生的《高级病理生理学》。此外，参与《人体疾病机制与诊断（研讨课）》课程教学。能注重教学质量与思德教育，受到医学生好评。主编或参编了《病理生理学》、《机能实验学》、《临床医学导论》、《病理生理学学习指导》等多部教材与教学参考书。获得教学成果奖多项，发表教学论文数篇。指导本科生完成多项国家级大学生创新训练计划项目。
学系长期从事肿瘤与感染等重大疾病发病机制及其靶向干预科研方向，承担与完成了多项国家自然科学基金面上项目与青年基金项目；与英国利物浦大学长期开展科研合作项目并联合培养博士生。已在国际学术期刊（包括高影响因子期刊）发表学术论文数十篇。培养毕业博士研究生、硕士研究生数十名，其中一名获东南大学优秀博士论文。本学系毕业的研究生几乎都在高校与三级甲等医院工作，有的已成为国内病理生理学领域知名学者，如中国病理生理学会理事、原江苏省病理生理学会秘书长、现南京医科大学病理生理学系主任李跃华教授，中国病理生理学会理事、江苏省病理生理学会副理事长余卫平教授等。
向曾经供职过本学系的老师们致敬！他们是：俞家柽、黄晔美、成必成、卫开斌、季建平、杨金荣、张 蓉、王基平、王晓宁、赵 基、丁以宁、苗 凯、陈晓梅、杨文波、赵锡庚、何小兵、金俊飞。
现学系教职工：余卫平、沈传陆、王丽虹（负责人）、廖 凯、张 伟。