东南大学医学院按照学校总体发展规划，根据“以提高学科核心竞争力为目标，构建学科平台和建设国家级、省部级、校级三级重点学科，推动医学院教学、科研发展”的学科建设思路，始终将学科建设放在重中之重的位置。在“985工程”及“211工程”项目对学科建设的投入支持下，合理调整学科结构，完善学科设置，为学院的可持续发展奠定了坚实的基础，也为学校争先进位，努力推进综合性、研究型、开放式的国内外知名高水平大学的建设做出了贡献。

学院拥有1个江苏省优势学科（医学技术），2个江苏省一级重点学科（临床医学、生物学），2个博士后流动站（临床医学、生物学），1个教育部重点实验室，2个江苏省重点实验室，3个全国临床重点专科（重症医学、影像医学、感染病科），2个省级临床诊疗中心（重症医学中心、介入放射诊疗中心），5个江苏省医学重点学科，17个省级临床重点专科，重症医学及影像医学等学科在国内有重要影响。

学院通过积极引导和推进学科交叉与融合，通过整合学科资源，优化学科布局，形成了多个基础医学及临床医学的学科平台，进一步推动了转化医学的研究，提升学院整体竞争力。