东南大学医学院近年来科学研究实力和水平正在逐年提升，现有江苏省分子影像与功能影像重点实验室、江苏省基因诊断与基因治疗医学重点实验室、教育部发育与疾病相关基因重点实验室等省部级重点实验室。医学院在医学影像与介入放射学、神经发育及神经精神疾病的发病机制、神经炎性反应、神经精神疾病的治疗干预研究、内科重大疾病发病机制及防治研究、器官衰竭与功能重建、外科疾病的基础理论与微创治疗新技术研究、肿瘤基础与临床研究等领域已经形成了自己的特色和优势，取得了一批原创性的重要成果。其中介入放射学和分子影像学研究与应用在国内处于领先地位，具有重要的学术地位和影响力；神经科学包括神经发育、神经精神疾病、神经炎性、神经药理等研究领域成果卓著；在ARDS机械通气领域为国内领先水平，在我国重症医学界具有重要的学术地位和影响力。

近年来，学院共获得国家杰出青年基金4项（包括B类1项）、优秀青年基金1项，领衔国家973项目2项，973二级课题3项，国家“863”项目6项，国家自然科学基金重点项目3项、重大国际合作项目1项、面上项目80余项。获纵向科研经费4000多万元。近年获得多项省部级和国家级奖项，包括国家科技进步二等奖2项，中华医学科技一、二等奖及教育部科技二等奖等一批成果。每年在SCI收录期刊发表论文100余篇。