病原生物学与免疫学系建于2001年10月，由原微生物学教研室、免疫学教研室和寄生虫学教研室合并而成，下设感染与免疫学科实验室和形态与机能教学实验室及东南大学基因工程疫苗研究所。学系现有免疫学博士学位授予点和病原生物学、免疫学硕士学位授予点。已培养博士、硕士生100余名，在读博士、硕士研究生30余名。

自成立东南大学医学院以来，本学科经历了不断创新发展和壮大的历程，在肿瘤与肿瘤干细胞免疫学防治、肿瘤免疫遗传调控、感染与免疫、疫苗研制、新型免疫诊治试剂研发、肠道细菌致病机理、免疫复合物调控巨噬细胞功能等方向研究中，坚持开拓创新、不断进取、敢为人先、实事求是的科学学风，在省内外同行间取得了喜人的成绩。近年来主持和完成国家973子项目2项、国家863及子项目3项、国家自然基金23项，省重点自然基金2项，省六大人才高峰基金2项、省青蓝工程基金2项，省333工程基金1项、教育部留学回国人员基金2项、教育部博士点基金2项，以及省部级项目等多项科研基金，并参加了国家2011项目、国家重点自然基金、美国NIH基金、美国CDC科研基金等合作项目研究，年均科研经费近200万元。近年来发表学术论文300多篇，其中SCI论文100多篇，获省部级科技成果奖3项，国家专利10项，主编/参编专著6部。学系主编的疫苗工程学2014年获江苏省高等学校重点教材；医学免疫学课程2014年获江苏省高等学校全英文授课精品课程建设项目。全系共承担本科与研究生等不同专业和不同层次16门课程，如医学免疫学、医学微生物学、免疫生物学、微生物学、医学寄生虫学、医学检验学、疫苗工程学、细胞和分子免疫学、免疫学与免疫学技术、病原生物学进展、临床免疫学进展、免疫学基础与应用等，获各种教学奖多项。

目前，学系有教授4名，副教授6名，讲师3名，主管技师2名。在教师队伍中具有博士学位的12人，绝大多数教师有国外留学和进修经历。本学科全体员工在学系主任、二级教授窦骏的带领下，秉承东南大学“止于至善”的校训，瞄准 “双一流”建设目标，抓住机遇，练好内功，提升水平，率先发展，争取更大的成绩。