外科学系源于1935年原中央大学附设医院外科。历经中央大学、南京铁道医学院、东南大学几个阶段。外科学教研室先后有黄懋魁、冷永成等著名外科专家担任主任。曾有陈怀仁、周性明、周玉篇、吴鼎新、樊嘉等多名国内外著名专家学者在此学习或任职，目前外科学系包括外科总论、普外科、泌尿外科、整形烧伤外科、骨科、神经外科和胸心外科等七个专业教研室及外科实验中心。外科学专业是二级学科博士点和硕士点，其中整形烧伤是江苏省医学重点学科，普外科、整形烧伤科、骨科、神经外科为江苏省临床重点专科。外科学入选东南大学985工程Ⅱ期建设学科”。

学系目前拥有教授（主任医师）12人，副教授（副主任医师）25人，讲师20人。拥有博士学位21人，硕士学位52人，博士生导师5名，硕士生导师20名。多人入选江苏省“333工程”和“135工程”医学重点人才培养计划以及青蓝工程学术带头人、江苏省“科教兴卫”工程人才。各专科带头人均在省部级专业学会中担任副主任委员以上学术职务。外科学系主任为刘志勇教授，现任东南大学附属中大医院副院长，中华医学会江苏胸心血管外科分会委员，南京医学会胸心外科分会副主任委员，江苏省抗癌协会肺癌专业委员会副主任委员，中国医师协会心血管外科分会常委，江苏省政府“333”工程第三层次培养人才，江苏省卫生厅“135”工程医学重点人才。外科学系副主任：嵇振岭教授、王辰教授、周家华教授、石欣副教授等；外科实验中心主任：陈明教授。

外科学系承担博士研究生、硕士研究生及临床医学7年制本科（70%教师采用双语教学）、临床医学5年制本科、卫生系、检验系、医学影像系、高护专业、生医系、劳保医学本科以及各专业成人医学教育的教学任务。近年来承接了大学外国留学生教学任务（英语教学），每年完成教学工作量达60000余学时（学生人数X学时）。与此同时，坚持教学改革，充分运用现代化教学手段，不断提高教学质量。多次获评江苏省精品课程，教学效果优秀，深受学生的好评与喜爱。

1982年本学系成为全国首批硕士学位授予点之一。2010年临床医学成功获得一级学科博士学位授予权，覆盖了本外科学系。外科学2011年被批准为二级学科博士点，外科学系每年招收硕士研究生30~50人，博士研究生5~10人。本学系与多所海外著名医学院建立了长期稳定的科教研合作关系，每年与海外联合培养博士研究生2~3人。

本学科多位授课老师先后多次获得高等学校科学研究优秀成果奖、东南大学教学奖、东南大学教学成果奖、东南大学校长奖等多种奖励。先后获得多项教改课题，如江苏省研究生教育教学改革研究与实践课题、江苏省高等教育教改立项研究课题、江苏省普通高校研究生科研创新计划项目、江苏省教育科学“十一五”规划课题等。

近五年外科学系先后获得国家省部级科技进步奖励4项，承担或参与国家自然基金近20项、省自然基金10多项，发表论文500余篇，其中SCI收录40余篇，出版教材、专著10部，获（省部级）科技成果奖7项，申请国家专利2项。近年来本学系已在以下几个方面形成了自己的研究方向、优势和特色：（1）颅颌面畸形和缺损的研究；（2）组织工程及应用研究；（3）微创外科新技术新方法系列研究；（4）器官移植基础研究；（5）肝胆胰胃肠道肿瘤的基础和临床研究；（6）脊柱和髋关节疾病的基础和临床研究；（7） 体外循环手术中重要脏器功能保护等。