1998年成立的急诊与危重病医学教研室是重症医学系前身，成为江苏省第一个硕士学位授予点，2001年成立东南大学急诊与危重病医学研究所，建立了江苏省第一个急诊与危重病医学实验室。同年被评为江苏省135工程重点学科建设单位，2002年被评为江苏省省级临床重点专科，并以优异成绩通过每年年度审核。2004年起开始招收博士研究生，并成为江苏省第一家危重病专业护士的实习与培训基地。2010年成为重症医学国家临床重点专科，江苏省唯一一家重症医学诊疗中心。

重症医学系主任邱海波教授现任中华医学会重症医学分会侯任主任委员、江苏省重症医学分会主任委员、江苏省中西医结合学会急症分会主任委员、南京医学会重症医学分会主任委员、《中华急诊医学杂志》副主编、中华内科杂志编委，中华医学杂志英文版编委，中华老年心血管杂志编委，中华创伤外科杂志英文版编委、中国危重病急救医学杂志编委。在国内外重症医学领域享有较高声誉。

重症医学系1999年开始在缺乏统编教材的情况下，利用自编教材，率先在全国高校开设重症医学本科必修课程及硕士研究生学位课程。已培养硕士研究生54名，44人获得硕士学位，2003、2004年、2008年毕业论文分别被评为江苏省优秀硕士生论文；指导博士研究生9名，为省内外培养和输送了一批高素质的人才。

为促进重症医学学科可持续发展和保持学术前沿地位建立坚实的基础。与此同时，为进一步促进学科发展，加强国际交流，学科负责人邱海波教授曾作为访问学者赴加拿大多伦多大学访问近一年，与该校建立了稳定的临床和科研合作关系，并同加拿大多伦多大学、意大利都灵大学、德国Ulm大学长期进行学术交流，为重症医学的人才培养提供了可靠的国际平台。目前联合培养博士生3人。

作为科室发展壮大的核心和可持续发展的基础，重症医学科长期重视基础和临床研究工作，先后承担国家自然基金、江苏省社会发展基金、江苏省自然科学基金、教育部新世纪优秀人才基金、中华医学会临床医学科研专项资金等资助的多项临床和基础研究课题。2010年“Wnt信号通路调控MSC向肺泡上皮细胞分化的机制研究”获得国家自然科学基金和江苏省自然基金资助，“高表达ACEⅡ的间充质干细胞移植对急性肺损伤的修复作用及其机理研究”获得国家自然科学基金资助，“数字化区域重症监护、远程会诊和临床决策示范应用”获得江苏省自然科学基金重大项目资助；主持负责多项国内和国际多中心临床研究，在clinicaltrial上注册了3项国际和国内多中心研究，其中一项国际多中心研究已经完成。近年来先后获得江苏省科学技术进步二等奖、江苏省青年科技奖、多次获得江苏省新技术引进奖。2010年“急性呼吸窘迫综合征肺开放的临床进步”获得中华医学科技奖三等奖、江苏省医学科技奖三等奖。发表论文100余篇，专著10余部。