生理学是研究机体生命活动规律的科学，是重要的医学基础理论学科。生理学系的教学及科研工作均围绕生物体的各项生理功能及其机制而展开，对不同学习阶段的学生分别进行医学基础理论的铺垫及科研思维的训练，并对生物未知领域进行积极探索。

生理学系目前共有教师10人，其中教授2人, 副教授2人，讲师5人，工程师1人。具有博士学位6人，在读博士2人。学系承担着临床医学、预防医学、生物医学工程等专业五年制、七年制本科生的生理学课程、研究生的高级生理学等教学任务。高质量地完成教学是本学系的传统和特色，教师们的辛勤付出得到了本校师生及国内同行的广泛肯定，曾被评为铁道部普通高校优秀课程、江苏省普通高校一类优秀课程。近10年来先后有2位同志分别获得政府奖教金，1位同志获得“优秀三育人”称号，分别有1、2、4人次分获东南大学青年教师授课竞赛一等奖、二等奖、三等奖。

生理学系的科研工作有着辉煌的历史和良好的基础。其前身为中央大学医学院生理教研室，为我国早期的著名生理学家蔡翘教授所创建。上世纪八十年代以来，在陈继生、董维嘉、周予谦、杨徳治等老一辈教授们的带领下，在听觉生理、神经内分泌生理及消化电生理等领域中都取得过杰出的成绩。目前的科研方向主要有：听觉生理、离子通道与疾病、内分泌生理、呼吸生理等。迄今已获得1项973计划二级子课题、6项国家自然基金课题、若干省部级课题。目前主持在研国家自然基金课题3项、省部级课题1项。

生理学系于1986年由国务院学术委员会批准为硕士学位授予点，迄今培养硕士研究生五十余人，已毕业的学生现在都活跃在国内外相应的科研、教学或医学领域中。

在“后基因组时代”，生理学这门学科的重要任务之一，是在分子生物学、细胞生物学等基础学科和临床医学、健康科学之间建立联系的桥梁，把不同学科和不同研究水平上的知识和技术联系起来，从而对人体的各系统及整体得到从基因到功能的完整认识。科研理念和实验手段的进步为生理学科的发展提供了广阔空间，本学系将依托听觉生理实验室、电生理实验室、免疫组化实验室及分子生物学实验室，进一步开拓思路，加强与国内外同行的学习交流以及与其他学科间的互补合作，从教学与科研两方面着手，实现新时期生理学科发展的大跨越。