生物化学与分子生物学系创始于1935年，隶属于原国立中央大学医学院，具有深厚的历史积淀，著名生化学家郑集教授是该学科的创始人。之后，该学系先后隶属于南京大学医学院、第五军医大学、第六军医学校、南京铁道医学院。自南京铁道医学院始，先后历经杜肇宗、魏涌、邹森堂、李新荣等等几代老师的努力，在生物化学与分子生物学教学等方面建设上奠定了坚实的根基。其中，《医学生物化学》课程获得1999年度的江苏省普通高校优秀课程二等奖，《高级生物化学与分子生物学技术》课程入选2010年度江苏省优秀研究生课程等。

学系发展至今，逐渐形成教学与科研的两条主线，分别是：（1）生物化学，（2）合成生物学。生物化学学科侧重解析生物大分子物质结构与功能、生物大分子物质代谢与遗传信息传递分子基础等。合成生物学是生物化学学科的重要延伸，并进一步整合工学的研究理念。在教学方面，学系围绕生物化学与合成生物学两条主线，开设了针对本科生、研究生等不同层次和不同专业的相应课程，包括生物化学（适用医学5年制和7年制各专业）、生物化学实验课、研究生合成生物学、研究生高级生物化学、研究生分子生物学B等课程。近10年来，学系在硕士研究生、博士研究生与博士后等不同层面培养了一批年轻人才，其中出站博士后6人。

学系有一支年富力强的师资队伍，以中青年骨干教师为主体。本学系现有教师13人，其中教授4人，副教授5人，讲师3人，实验技术人员1人。学系教师中，其中1人入选爱思唯尔（Elsevier）生物学专业“中国高被引学者”。 近些年，依托教育部重点实验室与核酸与蛋白质研究生创新平台，学系在科研上取得了长足的进展。近10年，发表SCI收录论文200余篇，出版相关领域中文专著2部、英文专著5部。参加国家重大基础研究计划项目2项，主持国家自然科学基金项10余项。获得教育部自然科学奖一等奖1项、天津市科技进步奖一等奖1项、中华预防医学会科学技术奖二等奖1项、环境保护部环境保护科学技术奖三等奖1项。

在科研上，学系教师关注与侧重如下两个方面的研究方向：

（1）疾病发生发展的分子机制：具体侧重代谢相关疾病（例如肾脏病等）、感染相关疾病（例如自身免疫病等）与神经发育相关疾病（例如抑郁症等）发生发展分子机制解析。

（2）合成生物学理论与应用：例如数字化信息的DNA存储等。