东南大学医学院病理学科创始于1935年，隶属于当年的中央大学医学院，解放后先后隶属于南京大学医学院、第五军医大学、第六军医学校（专科），我国已故著名病理学家、学部委员吴在东教授、康锡荣教授曾为教研室主任。自从1958年成立南京铁道医学院后，先在俞家柽教授、陈文荦教授、贾云教授等的带领下，教研室一心一意搞课程建设，同时承担附属医院外科病理检验工作。教学标本、教学切片从少到多，教学大纲、教学挂图、幻灯从无到有，并制订了一系列青年教师培养制度和教学规范，外检量逐年增加。接着，在原同济大学副校长，著名病理学家朱广杰教授，我国当代著名的妇产科病理学家张建民教授，实验病理学专家张瑞英教授、苏宁教授等的带领下，进一步加强教学、科研、外检和科室建设工作，教学质量、外检水平稳步提高，科研工作也取得可喜进展。

目前病理学科分为病理学教研室、病理生理学教研室、电子显微镜室和附属医院病理科几大部分。本学科为国务院首批硕士学位授予点，是江苏省临床病理学重点专科和江苏省生物材料高技术研究重点实验室组成单位，学科内还设有东南大学分子病理研究所、生物材料与组织相容性研究所等相关科研机构。

本学科拥有一支年富力强的师资队伍及学术梯队，其中大部分为中青年骨干教师，其中在编教授6名，非在编教授2名（张建民、苏宁），博士生导师5名，硕士生导师8名，留学归国人员10名，具有博士学位者11名，在读博士3名，享受国务院政府津贴者1名。本学科教师正在或曾经担任«中华病理学杂志»、«中华肝脏病杂志»、«中华中西医杂志»、«中国肿瘤临床与康复»、«现代医药卫生»、«东南大学学报（医学版）»、《美国中华医学与管理》、«医学研究生学报»等十余种杂志编委或特邀编委。拥有铁道部科技拔尖人才2名，江苏省“青蓝”，“333”工程入围者2名。兼职教授5名。

本学科承担博士研究生、硕士研究生、7年制本科、5年制本科以及各级成人医学教育的教学任务，年均完成教学工作量达3000学时。科研上已形成了稳定的三个研究方向：肿瘤分子病理学及防治研究、器官纤维化分子病理学研究和肿瘤分子病理诊断研究。近年已完成和在研的课题有50多项，课题总经费1500多万元，本学系可支配部分达700多万元，其中主持国家自然基金课题16项，参与国家自然基金课题6项；主持国家863计划课题2项，参与2项；主持省部级课题25项，校级课题10余项，发表论文300余篇，其中SCI/EI/ISTP收录60余篇，出版教材、专著10余部，获省部级科技成果奖7项，国家专利授权7项，申请专利10项。

本学科自1979年开始招收硕士研究生，到目前已招收128名，毕业并获得硕士学位者100名。已招收博士研究生21名、毕业并获得博士学位者5名。

近年，本专业点有2人获得江苏省优秀硕士论文，1人获得江苏省优秀博士论文。
本专业点毕业的研究生几乎全部在高校和三级医院（大部分在三甲）工作，其中很多人在国内外科研和临床病理诊断岗位上成为骨干力量，如江苏省病理学会主任委员范钦和教授、加拿大国家生物科学研究院张万东教授、中山大学中山医学院姜傥教授以及本学科学术骨干张东生教授、郑杰教授、黄培林教授、陈平圣教授、余卫平教授等。